Emma et Enzo, deux cousins, sont envoyés par leur aïeul l'archéologue Gaston Toulmouche dans le passé pour élucider tous les mystères qu'il n'a pas résolu. Enzo et Emma sont transportés à Saint-Malo au XVIIIe siècle pour porter secours à Justine et Louis lui-même pirate repenti, fondateurs d'un orphelinat et enlevés par des pirates.