Amsterdam, 1640. Un homme est excommunié de la communauté juive portugaise pour avoir remis en question les Saintes Ecritures. Le jeune Bento de Espinosa assiste à la scène et l'épisode fait germer en lui un doute. Et si tout ce qui est écrit dans la Bible était faux ? Le soupçon va lancer Bento dans la plus grande quête intellectuelle qui soit. Qui a écrit les textes sacrés ? Qui est vraiment dieu ? Qu'est-ce que la nature ? toutes ces questions sont extrêmement dangereuses et le jeune Spinoza va bientôt en payer le prix. Juifs et chrétiens l'accusent d'hérésie et commencent à le persécuter...