Il fallait que cela arrive ! Jusqu'ici les héros de BD étaient des êtres humains, voire des animaux, dans lesquels il était facile de s'identifier en tant que lecteur. Dans Ghost in The Shell, l'héroïne, le major de sécurité Mokoto Kusanagi, une agréable brunette aux formes avantageuses, est un robot, si ce n'était ce 0,01 % de matière organique qui lui reste (une partie de son cerveau et de sa moelle épinière) où résident sa conscience et sa dignité d'être humain. Certains l'appelleront "âme", d'autres ne lui donneront pas de nom. Mais l'auteur de Ghost in The Shell a préféré l'appeler "Ghost" qui signifie fantôme en anglais, un peu comme si ce résidu d'humanité était la quintessence de ce que l'on pourrait nommer "un pur esprit". Nous sommes en 2029 et l'humanité entière est connectée sur un réseau informatique dérivé de l'Internet. La cybernétique a fait de tels progrès que tout un chacun peut être truffé de robots miniaturisés qui permettent d'être connecté avec les différentes entités qui composent votre vie. La section 9 de sécurité a pour but de protéger ce réseau contre les hackers qui s'y infiltrent et qui essaient de le contrôler. En effet, si la science a fait des progrès, les travers de l'être humain restent d'actualité : la cupidité, la folie du pouvoir, le désir de vengeance, ont toujours court et les gouvernements, garants de la liberté et de l'intégrité des citoyens, ne sont pas les derniers à promouvoir ou à cautionner les manœuvres illégales. Cette fois, la section 9 tombe sur le cas de cyborgs dont la mémoire a été effacée et qui sont devenus les instruments d'un hacker redoutable. Rapidement affublé du sobriquet de "marionnettiste" (Puppet Master), ce hacker utilise un logiciel qui a été inventé par les Américains pour contrôler certains flux financiers. Mais cet outil est devenu totalement incontrôlable. La section 9 arrive à piéger ce programme dans le corps du "marionnettiste" enfin neutralisé. Mais le ministère des Affaires étrangères essaye lui aussi.