Travailleur à la mine, le jeune Pazu rêve de découvrir Laputa, le château volant que son défunt père avait aperçu dans le ciel avant de mourir. Or, Pazu secourt un jour Sheeta, une jeune fille tombée… du ciel ! Poursuivie tant par les pirates que par les militaires, Sheeta aura besoin de toute l'aide de Pazu pour espérer leur échapper. Car s'il y a bien une chose qui ne doit pas tomber entre leurs mains, c'est la pierre volante qu'elle porte autour du cou…