Alors qu'il se promène dans les bois, Nathan, un jeune garçon, tombe sur une machine à capsules près d'un arbre sacré. Quand il ouvre l'une des capsules, il fait apparaître un Yo-Kai nommé Whisper, qui lui donne une montre spéciale, connue sous le nom de Yo-Kai Watch. En l'utilisant, il acquiert la faculté de voir les nombreux Yo-Kai qui hantent les personnages et causent des méfaits. Dans cette nouvelle aventure, Nathan fera la connaissance de Corniot, un chien au visage d'homme, avant d'être confronté à Loubarbare, un Yo-Kai qui transforme les gentils en vilains. Comment le jeune garçon va-t-il faire face à ce Yo-Kai malveillant ?