Black est un garçon un peu étrange qui rêve de battre la ligue et de devenir le nouveau champion des dresseurs Pokémons. Avec ses Pokémons Munna et Gruikui, il rencontre White, une jeune fille dont le métier est agent pour les Pokémons stars. Elle tente d'embaucher Black dans sa société. Une organisation du nom de Ginga lutte contre l'exploitation des Pokémons par l'homme...